水利水電工程的建設(shè)和運行會使江河的生態(tài)系統(tǒng)趨于崩潰，在改變了上游與下游的水文環(huán)境和水動力條件的基礎(chǔ)上破壞了重要水生的適宜性和連通性。從水利水電工程影響水生生物的機理來看，可以設(shè)置以下調(diào)控方法：過魚設(shè)施。過魚設(shè)施主要是解決水生生物洄游路線被阻隔的問題，可以在工程中增設(shè)魚道、升魚機等自然的過魚設(shè)施，以幫助魚類及其他生物按照原始洄游路線通過設(shè)施進行產(chǎn)卵并繁衍。相關(guān)實踐表明，通過過魚設(shè)備幫助魚類恢復(fù)其洄游的路線可以對魚類的繁衍起到積極的促進作用，但過魚的效果受限制的因素比較多，例如魚類的洄游習(xí)慣、游泳能力等，所以過魚設(shè)施目前比較適合中低水頭的水利水電工程設(shè)置；增殖放流。增殖放流主要是采用人工的放流、移植的方式在水利水電工程水體內(nèi)投放魚苗等水生生物，增殖放流是目前應(yīng)用比較廣泛的保護水生生物繁衍的有效方法。例如在葛洲壩水利修建后就是利用成熟的人工繁殖中華鱘的方法來進行增殖放流，使中華鱘得到很好的繁衍；生態(tài)修復(fù)。在水利水電工程修建時會存在普遍的影響水生生物棲息地的現(xiàn)象，主要是高強度的人們活動使水生生物的生活受到嚴(yán)重影響。可以通過生態(tài)修復(fù)的方法來減少或停止人為對江河流域的干擾，幫助江河水資源進行自我調(diào)節(jié)和自我恢復(fù)；生態(tài)調(diào)度。水利水電工程同時兼有生態(tài)環(huán)境和生態(tài)環(huán)境調(diào)控效能，水電工程的生態(tài)調(diào)度主要是將生態(tài)因素納入到日常水庫的調(diào)度中，通過優(yōu)化現(xiàn)行調(diào)度減輕水利工程建設(shè)過程和運營時對水生生物的影響，以最大限度的滿足水生生物的生存和繁衍。總之，過魚設(shè)施和增殖放流手段都可以有效解決生物資源保護問題，但是生態(tài)環(huán)境的修復(fù)是需要一定周期，需要長期進行。水利水電工程在建設(shè)時通過優(yōu)化水文環(huán)境和水動力條件可以滿足水生生物的繁殖需求，具有可操作性。但我國目前的水利水電工程主要以防洪、發(fā)電為主要功能，對工程周圍的生態(tài)環(huán)境研究還處于初始階段，保護水生生物的繁衍是一個難點。需要在了解水生生物繁衍需求的基礎(chǔ)上對水文、水動力和水生態(tài)等進行優(yōu)化，以促進水生生物的可持續(xù)繁衍。